Hikaye, Shay Patrick Cormac'ın genç bir suikastçı olarak başladığı yerde başlar. Shay, özgürlük ve bağımsızlık için savaşan bir suikastçı kardeşliği üyesidir. Ancak bir görev sırasında, suikastçılar tarafından kullanılan Gizli İlkeler adlı esrarengiz bir cihazın tehlikeli sonuçlar doğurabileceğini öğrenir.
Bu bilgiyi öğrendikten sonra, Shay, suikastçıların emirlerine karşı çıkar ve cihazı ele geçirmeye çalışır. Ancak bu sırada suikastçılar tarafından ihanetle suçlanır ve avlanmaya başlanır. Shay, suikastçılardan kaçarken, Templarlar adlı gizli örgüt tarafından kurtarılır.
Shay, Templarlar'a katılarak suikastçılara karşı savaşmaya başlar. Hikaye boyunca, Shay, suikastçıların etkilerini zayıflatmak ve Templarlar için stratejik öneme sahip bölgeleri ele geçirmek için çeşitli görevler üstlenir. Aynı zamanda, eski suikastçı dostlarına karşı da mücadele etmek zorunda kalır.
Oyun, Shay'in suikastçılara ve Templarlar'a olan bağlılığını ve bu iki karşıt örgüt arasındaki çatışmayı anlatırken, Kuzey Amerika'nın çeşitli bölgelerinde dönemin atmosferini ve tarihi olaylarını da sunar.
Sonuçta, Assassin's Creed Rogue, Shay Patrick Cormac'ın suikastçı geçmişiyle yüzleşmesi, yeni bir yol seçmesi ve kendi özgürlüğünü araması üzerine kurulu bir hikayeyi anlatır. Suikastçılarla Templarlar arasındaki çatışma ve gizemli Gizli İlkeler cihazıyla ilgili olaylar bu hikayenin temelini oluşturur.