Film, Callum Lynch (Michael Fassbender) adlı bir karakterin hikayesiyle başlar. Callum, ölüm cezasına çarptırılan bir mahkûm olarak idam edilmek üzereyken, Abstergo Industries adlı bir şirket tarafından kurtarılır. Abstergo, Callum'in atalarının hafızalarını izleyebilen bir cihaz olan Animus'u kullanarak geçmişteki olayları incelemek için Callum'u kullanmak istemektedir.
Callum, Abstergo'nun başkanı Alan Rikkin (Jeremy Irons) ve kızı Sofia (Marion Cotillard) tarafından, 15. yüzyılda İspanya'da yaşamış olan Aguilar de Nerha adlı bir suikastçının soyundan geldiğini öğrenir. Callum, Animus'u kullanarak Aguilar'ın hafızalarını izlemeye başlar. Bu süreçte, Aguilar'ın İspanyol Engizisyonu ve Templarlarla olan mücadelelerini deneyimler.
Callum, Aguilar'ın hafızalarını izlerken, Templarların Yaratıcılar'ın (Isu) güçlerini ele geçirme amacını ve suikastçıların bu güçleri korumak için mücadelesini keşfeder. Aynı zamanda Callum, Abstergo'nun gerçek amacını öğrenir: Yaratıcılar'ın gücünü kontrol etmek ve insanlığı kontrol altına almak.
Callum, Aguilar'ın deneyimlerini kazandıkça, suikastçıların mirasını benimser ve Abstergo'ya karşı ayaklanan bir grup suikastçıya katılır. Callum ve diğer suikastçılar, Yaratıcılar'ın gücünü ele geçirmek isteyen Templarlarla savaşırken, tarih boyunca gizlenen bir önemli nesneyi bulma görevine soyunurlar.
Film, aksiyon dolu sahnelerle, geçmiş ve şimdi arasındaki bağı açığa çıkaran bir hikaye sunar. Suikastçıların Templarlarla olan mücadelesi, zaman içinde ve farklı coğrafyalarda yaşanan olaylarla birleştirilir.
"Assassin's Creed" filmi, video oyunu serisini temel alarak modern ve tarihi zaman dilimlerini bir araya getirir ve suikastçıların ve Templarların ebedi mücadelesini anlatır.