Oyun, Ezio Auditore da Firenze'nin yaşlanmış bir haliyle başlar. Ezio, hala Templarlarla savaşmaya devam eden bir Mentor olarak görev yapmaktadır. Ana hikaye, Ezio'nun İstanbul (dönemindeki adıyla Konstantinopolis) şehrine gitmesiyle başlar. Bu seyahat, birinci Osmalı-Templar savaşının patlak verdiği yerdir.
Ezio, İstanbul'da Gizli Biraderler örgütünün yeni üyeleri ile tanışır ve onlara yardım etmeye başlar. Aynı zamanda, Templarlar ile savaşan bir diğer önemli karakter olan Altair Ibn-La'Ahad'ın hikayesini de keşfetmeye başlar. Altair, oyun boyunca anılar ve araştırmalar yoluyla daha fazla tanıtılır.
Ana karakterlerden biri olan Sofia Sartor ile tanışır ve onunla romantik bir ilişki geliştirir. Oyun boyunca, Ezio, İstanbul'un farklı bölgelerinde Templarlarla savaşırken, gizli bir anahtarın ve dengeyi sağlayacak bir cihazın peşine düşer. Bu anahtar ve cihaz, geçmişin sırlarını çözebilecek güçlü bir nesnedir.
Oyunun sonunda Ezio, geçmişin sırlarını çözer ve İstanbul'un altındaki büyük bir tapınağı keşfeder. Bu tapınak, büyük bir olayın merkezi olur ve geçmişin izlerini takip etmek için kullanılır. Ezio, geçmişin büyük Gizli Biraderler lideri olan Altair ile ilgili sırları da burada keşfeder.
Sonunda, Ezio Auditore da Firenze'nin hikayesi sona erer ve Templarlarla savaşmış bir yaşamın ardında derin sırlar ve keşifler bırakır. Assassin's Creed: Revelations, serinin önceki oyunlarına bağlantılar kurar ve ana karakterlerin hikayelerini sonlandırır.