Oyunda ana karakterimiz Lo Wang, bir özel ajan ve kiralık katildir. Kendisi, işvereni Zilla'nın hizmetindedir ve Zilla'nın gizli bir amacını yerine getirmek için görevlendirilir. Görevi, özel bir kılıcı çalmak ve bu kılıcı Zilla'ya teslim etmektir. Ancak, Lo Wang kılıcı çaldığında, işler beklenmedik bir şekilde karışır.
Lo Wang, kılıcı çaldığı sırada karşısına düşman ninja klanları çıkar ve ardından korkunç yaratıklarla karşılaşır. Aynı zamanda kılıcın kendisi, güçlü ve eski bir ruha sahip olduğu anlaşılır. Lo Wang, kılıcın gücünü kullanarak bu tehditlerle savaşmak zorunda kalır.
Oyun ilerledikçe, Lo Wang, kendi geçmişi ve ailesinin sırları hakkında bilgi edinmeye başlar. Aynı zamanda, Zilla'nın karanlık planlarını açığa çıkarmaya çalışır. Oyunun hikayesi, Lo Wang'in kendi karanlık geçmişiyle yüzleşmesi, mizahi diyaloglar ve aksiyon dolu görevlerle doludur.
"Shadow Warrior," aksiyonun yanı sıra mizahi bir anlatım ve karakterler aracılığıyla oyuncuları eğlendiren bir hikaye sunar. Oyunun ilerleyen bölümlerinde Lo Wang, hem geleneksel hem de fantastik silahlarla donatılır ve zorlu düşmanlarla karşı karşıya gelir. Oyunun ana teması, klasik aksiyon oyunu öğeleri ile mizahın başarılı bir birleşimidir.