Oyun M.Ö. 431 yılında başlar ve ana karakterimiz, Templarlarla savaşan gizli bir örgüt olan Assassins'ın bir üyesi olan ana karakterin ailesinin trajik bir şekilde dağılmasının ardından kaçak bir yaşam sürmektedir. Ana karakterin amacı, ailesinin akıbetini ve gizli bir örgüt olan "Mistikler" ile ilgili sırları ortaya çıkarmaktır.
Oyun boyunca ana karakter, Antik Yunan'da çeşitli görevler üstlenir, savaşır ve keşfe çıkar. Ana hikaye, ana karakterin soyunun ve geçmişinin izini sürerken, Antik Yunan'da yaşanan büyük olayları ve mitolojik hikayeleri içerir. Ana karakter, çeşitli Antik Yunan şehirlerinde ve adalarında maceralar yaşar, tanınmış tarihi figürlerle karşılaşır ve Templarlar ile çatışır.
Ana karakter, Spartalı bir asker olarak veya daha serbest bir sözde paralı asker olarak oynanabilir. Oyuncular, hikayeyi etkileyen seçimler yapabilirler ve bu seçimler oyunun sonuna etki eder. Ana karakter, Mistiklerin lideri olan Deimos adında bir kardeşiyle de yüzleşir ve onunla ilişkisini yeniden kurmaya çalışır.
Oyun, Antik Yunan mitolojisi ve tarihiyle dolu bir dünyada epik bir hikaye sunar. Ana karakterin geçmişini ve ailesini çözme çabası, oyunun merkezindeki ana tema olarak öne çıkar. Assassins'ın ve Templarların mücadelesi, gizli sırlar ve büyük bir açık dünya keşfi ile örülüdür.