Oyun, Eivor adındaki bir Viking savaşçısının hikayesini takip ediyor. Eivor, Norveç'in katmanlı ve zorlu tarihsel arka planında büyümüş biridir. Ancak Viking topraklarının daralması ve zorla İngiltere'ye göç etmek zorunda kalmıştır. Burada, Eivor ve kardeşi Sigurd, İngiltere'yi fethetmek ve Vikinglerin yerleşimini kurmak amacıyla bir grup Viking savaşçısıyla birlikte çalışırlar.
Oyun, Eivor'un İngiltere'yi fethetme çabalarını, yerel İngiliz liderlerle ilişkilerini ve Assassin ve Templar karşıtlığının bir parçası olarak gizemli bir antik örgüt olan Hidden Ones ile olan temasını takip eder. Oyunun başlangıcında, Eivor, Hidden Ones'ın lideri olan Basim ile tanışır ve onların savaşına dahil olur. Ayrıca Animus adlı bir teknoloji ile geçmişteki anılarına erişebilen Layla adlı bir karakter de modern zaman hikayesinin bir parçasıdır.
Oyun boyunca, Eivor ve kardeşi Sigurd, İngiltere'nin farklı bölgelerini fethetmeye çalışırken, yerel liderlerle ittifaklar kurarlar ve Templar örgütünün etkisiyle karşı karşıya gelirler. Ayrıca, Eivor'un kişisel hikayesi ve geçmişi de oyunun önemli bir parçasıdır, özellikle de çocukluk arkadaşı ve rakibi Kjotve ile olan ilişkisi.
Hikaye, Vikinglerin İngiltere'deki yerleşimleri kurma çabaları, Templar ve Assassin örgütleri arasındaki mücadele, gizemli Isu varlıkları ve modern zaman hikayesi arasında gidip gelir. Oyun, tarihsel olaylar, efsaneler ve gizemleri iç içe geçiren karmaşık bir hikaye sunar. Eivor'un seçimleri ve kararları, oyunun sonunda farklı sonuçlara yol açabilir ve oyuncunun hikayeyi etkileme özgürlüğüne sahiptir.