Film, Kirk'in yaşlanma ve kariyerinin sonuna yaklaşmasıyla başlar. Emeklilik çağına girmiş olan Kirk, Uzay Filosu Akademisi'nde genç subaylara liderlik dersleri vermekte ve artık maceralarının geride kaldığını düşünmektedir. Ancak, geçmişten gelen bir düşmanın yeniden ortaya çıkması, onun emekliliğini beklenmedik bir şekilde sarsar.
Khan Noonien Singh, Uzay Filosu tarafından yıllar önce sürgün edilmiş bir diktatördür. Kendi genetiği değiştirilmiş bir süper insan olan Khan, intikam ateşiyle yanıp tutuşmaktadır. Genesis Cihazı'nı ele geçirerek Kirk'e acı çektirmeyi ve ondan intikam almayı planlamaktadır.
Khan'ın saldırısı, Kirk ve ekibini hazırlıksız yakalar. Reliant gemisi, Kirk'ün liderliğindeki Enterprise'ı bir dizi zorlu savaşın içine çeker. İki gemi arasındaki mücadele, heyecan dolu sahnelerle dolu bir kovalamaca halini alır.
Ancak, Kirk ve mürettebatı, zorlu savaşlardan galip çıkmayı başarır. Khan'ın kendi intikam planı, sonunda kendi yok oluşuna neden olur. Ancak, bu zafer, fedakarlıkla kazanılmış bir zaferdir.
Genesis Cihazı'nın patlamasından kaçarken, Spock'un kahramanlığı trajik bir sonla sonuçlanır. Spock, geminin nükleer santralini onarmak için radyasyona maruz kalır ve ölür. Bu, Kirk ve ekibini derinden etkiler ve onların dostluklarını, bağlılıklarını ve fedakarlıklarını daha da güçlendirir.
Kirk, Spock'un ölümüyle yüzleşirken, kendi yaşlanması ve hayatındaki seçimlerle ilgili derin düşüncelere dalır. Ancak, Spock'un ölümü, onun arkadaşlarının ve mürettebatının bir araya gelmesini sağlar ve sonunda daha güçlü bir şekilde ilerlemelerine yardımcı olur.
Sonuç olarak, "Star Trek II: The Wrath of Khan", dostluk, fedakarlık ve yaşlanma gibi evrensel temaları derinlemesine işleyen etkileyici bir bilim kurgu hikayesidir. Kirk ve ekibinin mücadelesi, izleyicilere unutulmaz bir deneyim sunar ve Star Trek evreninin en ikonik hikayelerinden biridir.