Oyun, Londra'nın fakir sınıflarının zulme uğradığı bir dönemde başlar. Kardeşler, şehirdeki Templar yönetimine son vermek ve düşmanlarını alt etmek amacıyla harekete geçerler. Jacob, daha sert ve doğrudan bir yaklaşıma sahipken, Evie daha planlı ve zekice bir şekilde hareket eder.
Kardeşler, Londra'yı fethetmek ve kontrol etmek için çeşitli görevler üstlenirler. Bu görevler, karşılarına çıkan Templar liderleri ve diğer düşmanları alt etmelerini gerektirir. Oyunda birçok ünlü tarihi figürle karşılaşırlar, örneğin Florence Nightingale, Charles Darwin ve Karl Marx gibi.
Ana hikaye boyunca, kardeşler, birinci sınıf adaletsizliğine ve köle emeğine son verme amacıyla Londra'nın altını üstüne getirirler. Aynı zamanda birinci sınıf suç örgütü lideri olan Templar Grand Master Crawford Starrick'i alt etme görevini de üstlenirler.
Kardeşlerin mücadelesi, Londra'nın farklı bölgelerini özgürleştirmelerini ve örgütlerini büyütmelerini gerektirir. Bu sırada modern zamanlarda da Abstergo Industries ile ilgili bazı gizemleri çözmeye çalışırlar.
Oyunun sonunda, Jacob ve Evie Frye, Londra'yı özgürleştirirler ve Templar Grand Master Starrick'i alt ederler. Bu başarı, Assassin Kardeşliği'nin Londra'daki etkisini yeniden tesis etmelerine yardımcı olur.