Başlangıç: Film, Zod'un ölümünden sonra Superman'in (Clark Kent) yol açtığı yıkıma ve tartışmalara odaklanarak başlar. Birçok kişi Superman'i bir tehdit olarak görürken, diğerleri onu bir kurtarıcı olarak kabul eder.
Batman: Gotham Şehri'nde, Batman (Bruce Wayne) ise yıllardır suçla savaşmaktadır. Wayne Enterprises'ta çalışan Lucius Fox ile birlikte, Bruce Wayne, yeni bir güçlü tehdit olarak Superman'i görür ve onu durdurmak için planlar yapmaya başlar.
Lex Luthor: Zeki işadamı ve suçlu Lex Luthor, Superman'i zayıflatmanın ve yok etmenin yollarını aramaktadır. Luthor, Krypton teknolojisi ile çalışan bir şirketin başkanıdır ve Superman'in zayıflıklarını öğrenmek için Krypton teknolojisinin peşindedir.
Diana Prince: Diana Prince, aslında Wonder Woman olarak bilinen bir diğer DC Comics kahramanıdır. Film boyunca gizemli bir şekilde gözüken Diana, sonradan Batman ve Superman arasındaki çatışmaya katılarak güçlerini sergiler.
Çatışma: Batman ve Superman arasındaki gerilim, Batman'in Superman'i durdurma amacıyla hazırladığı kryptonitli bir silahın yapılmasıyla tırmanır. Batman ve Superman arasındaki büyük çatışma, Gotham Şehri'nde gerçekleşir.
Doomsday: Ancak, çatışma sırasında Lex Luthor, Krypton genlerini kullanarak Doomsday adı verilen devasa bir tehdit yaratır. Batman, Superman ve Wonder Woman, Doomsday'i durdurmak için birlikte çalışmak zorunda kalır.
Sonuç: Sonunda, Batman, Superman ve Wonder Woman, Doomsday'i yenmeyi başarır. Ancak, Superman de hayatını kaybeder. Film, Superman'in ölümüyle sona erer, ancak Clark Kent'in ölmediği ima edilir.
Film, DC Evreni'nin (DC Extended Universe) temellerini atmış ve Justice League gibi diğer DC süper kahramanlarını tanıtmıştır. Ayrıca, kahramanların toplu olarak birleştikleri bir devam filmi olan "Justice League" için de zemin oluşturur.