İkinci sezon, 1947 yılında devam eder. Peggy Carter, New York'taki S.S.R. (Strategic Scientific Reserve) şubesinde hala çalışmaktadır. Bu sezon, önceki sezonun olaylarından sonra yaşanan gelişmeleri ve karakterlerin yeni maceralarını ele alır.
Sezonun ana konusu, "Council of Nine" adı verilen bir gizli örgütün etrafında döner. Bu örgüt, dünya çapındaki olayları yönlendiren ve kontrol eden bir güçtür. Ana karakterlerimizden biri olan Whitney Frost (aka Madame Masque), bu örgütle ilişkilidir. Whitney, genç ve yetenekli bir aktristken kazara geliştirdiği bir teknoloji ile yüzünün bir kısmını maske gibi kaplayan bir yara almıştır. Bu durum onu güç arayışına sürükler ve Council of Nine ile bağlantısı artar.
Sezon boyunca, Peggy ve ekibi, Whitney'nin liderliğindeki örgütün tehlikeli planlarını engellemeye çalışırlar. Aynı zamanda, Jarvis (Howard Stark'ın yardımcısı) ve Peggy'nin romantik ilgisi olan Sousa da dahil olmak üzere karakterlerin kişisel hikayeleri de gelişir.
Bu sezon, Süper Asker Serumu'na dayalı bir projeyi ele alır ve Howard Stark, Peggy ve ekibini bu projeyi çalmaktan ve yanlış ellere geçmesini önlemekten sorumlu hale getirir. İlk sezondan tanıdığımız Dottie Underwood da tekrar sahnede yer alır ve hikayeye katkıda bulunur.
Sezon ilerledikçe, Whitney Frost'un süper güçleri olan bir yetenek geliştirdiği ortaya çıkar. Bu güçleri kullanarak enerjiyi emebilir ve nesneleri manipüle edebilir. Council of Nine'ın amacı, bu gücü kullanarak dünyanın enerji dengesini değiştirerek büyük bir güç elde etmektir.
Son bölümlerde, Peggy ve ekibi Council of Nine'ı durdurmak ve Whitney'nin güçlerini kontrol altına almak için büyük bir mücadele verirler. İç içe geçmiş entrikalar, tehlikeli çatışmalar ve karakterlerin kişisel deneyimleriyle dolu bir hikaye, sezonun sonunda zirveye ulaşır.
Agent Carter'ın 2. sezonu, aksiyon, casusluk ve süper güçlerin karıştığı bir dizi olarak izleyicilere yeni bir macera sunar. Karakterlerin gelişimi, gizemli örgütün planları ve dönemin atmosferi bu sezonun temel unsurları arasındadır.