Hikaye, İkinci Dünya Savaşı'nın alternatif bir tarihinde
geçmektedir. Oyuncu, B.J. Blazkowicz adlı Amerikan askeri kahramanını kontrol
eder. 1946 yılında, Nazi Almanyası, geliştirdikleri yüksek teknolojili
silahlarla savaşı kazanmış ve dünyayı ele geçirmiştir. B.J. Blazkowicz, savaşın
sonunda ağır yaralanır ve komaya girer.
Birkaç yıl sonra, 1960 yılında B.J. uyanır ve sağlık durumu
düzelir. Ancak, dünya Nazi kontrolünde ve direniş hareketi neredeyse yok
edilmiştir. B.J. Blazkowicz, Widerstand adlı bir direniş grubu ile bir araya
gelir ve Nazi rejimine karşı savaşmaya karar verir.
B.J. ve diğer direniş üyeleri, Almanya'nın farklı
bölgelerine saldırılar düzenler ve Nazi liderlerine karşı mücadele eder. B.J.,
özellikle Obersturmbannführer (Yarbay) Wilhelm "Deathshead" Strasse
adlı bir Nazi subayını hedefler. Deathshead, insanları deneylere tabi tutarak
korkunç savaş makineleri üretmektedir.
Direniş, Deathshead'i ele geçirmek için bir plan yapar.
Ancak plan başarısız olur ve B.J. Blazkowicz yakalanır. Deathshead, B.J.'ye
işkence yapar ve onu öldüreceğini düşünerek üzerine beton döker. Ancak B.J.,
kurtulmayı başarır ve yaralı halde tekrar ortaya çıkar.
B.J., Nazi kontrolündeki bir hastaneden kaçar ve bir direniş
grubuyla tekrar bir araya gelir. Grup, Nazi savaş makineleri ve askerlerine
karşı savaşırken, B.J. da Deathshead'i bulmak için öncülük eder. Sonunda,
Deathshead'in gizli bir tesiste olduğunu keşfeder.
B.J., tesise sızar ve Deathshead ile karşı karşıya gelir.
Bir çatışmadan sonra Deathshead'i öldürür. Ancak bunun sonucunda, Deathshead'in
geliştirdiği süper askerlerden biri olan Frau Engel adlı bir Nazi subayı
B.J.'ye saldırır ve onu ağır yaralar.
B.J., bilincini kaybeder ve rüya gibi bir dünyada geçici
olarak yaşamaya başlar. Orada, annesi ve babasıyla yeniden bir araya gelir ve
huzur içinde yaşar. Ancak, gerçek dünyada direnişin zaferi için mücadele etmesi
gerektiğini anlar.
B.J., gerçek dünyaya geri döner ve direnişle birleşir. Nazi
rejimine karşı büyük bir saldırı başlatırlar ve kontrol altındaki bölgeleri
kurtarırken bir yandan da süper askerlerle savaşırlar. Sonunda, B.J. ve
direniş, Nazi Almanyası'nı devirmeyi başarır ve özgürlüğü geri getirir.
Bu şekilde, "Wolfenstein: The New Order"da B.J.
Blazkowicz ve direnişin Nazi Almanyası'na karşı verdiği mücadele anlatılır.