İkinci sezon, Walter White ve Jesse Pinkman'ın uyuşturucu
üretme işine devam etmelerini ve yasal sorunlarla karşılaşmalarını konu alır.
İlk sezonda, Walter'ın kanser hastalığı nedeniyle uyuşturucu üretme işine
girdiğini görmüştük. Jesse ise Walter'ın eski öğrencisi ve uyuşturucu
satıcısıdır.
Sezonun başında, Walter ve Jesse, bir uyuşturucu satıcısının
malını çalarlar ve bunu satmaya çalışırlar. Ancak, çaldıkları malın sahibi,
Tuco Salamanca adında bir uyuşturucu baronudur ve onlarla iş yapmak istemez.
Tuco, Walter ve Jesse'yi kaçırır ve onları zorla bir laboratuvara getirerek
uyuşturucu üretmeye zorlar. Walter ve Jesse, ondan kaçmayı başarırlar ve
uyuşturucu üretmeye devam ederler.
Walter'ın karısı Skyler, Walter'ın değişen davranışlarından
şüphelenmeye başlar ve onunla ilgili araştırmalar yapar. Bu araştırmalar
sonucunda, Walter'ın uyuşturucu ürettiğini öğrenir ve onu terk etmeye karar
verir. Ancak, Walter, karısını geri kazanmak için çaba sarf eder.
Bu arada, Walter'ın kardeşi-in-law Hank, DEA'nın (Uyuşturucu
İnfaz İdaresi) uyuşturucu operasyonunda görev alır ve Walter ve Jesse'nin işini
çözmeye çalışır. Hank, uyuşturucu trafiğindeki gizemli "Heisenberg"
adlı kişiyi araştırmaya başlar ve sonunda Walter'ın Heisenberg olduğunu
keşfeder.
Sezon boyunca, Walter ve Jesse, uyuşturucu üretmek için birçok
engelle karşılaşırlar ve zaman zaman hayatta kalmak için mücadele ederler.
Sonunda, Tuco'nun ölümü ve DEA ile yaşadıkları sorunlar nedeniyle işlerini
bırakırlar.
Ancak, sezonun finalinde, Walter ve Jesse, bir sonraki
aşamaya geçmek için yeni bir iş teklifi alırlar. Bu teklif, uyuşturucu karteli
tarafından yapılır ve Walter ve Jesse, daha büyük bir risk alarak teklifi kabul
ederler. İkinci sezonun sonunda, Walter ve Jesse'nin uyuşturucu işine devam
edecekleri açık bırakılır.