Başlangıç ve Moğol İstilası
1274'te Moğol İmparatorluğu, Kublai Han'ın torunu Khotun Khan'ın liderliğinde Tsushima Adası'nı işgal eder. Adanın samurayları, Lord Shimura'nın komutasında Moğollarla savaşır, ancak Moğollar üstün gelir ve neredeyse tüm samurayları öldürür. Jin Sakai, Shimura'nın yeğeni, ağır yaralanır ancak Yuna adlı bir hırsız tarafından kurtarılır.
Jin Sakai'nin Yolculuğu
Jin, iyileştikten sonra Shimura'yı Moğolların elinden kurtarmaya kararlıdır. Ancak, Khotun Khan oldukça zeki ve acımasız bir liderdir, bu yüzden Jin geleneksel samuray yöntemlerinin yeterli olmayacağını anlar. Jin, Yuna'nın yardımıyla daha gizli ve sinsi taktikler kullanmaya başlar, bu da onu samuray onur kodundan uzaklaştırır. Jin'in yeni savaş tarzı, onu "Hayalet" (Ghost) olarak tanınır hale getirir.
Müttefikler ve Direniş
Jin, Moğollara karşı direnişini güçlendirmek için çeşitli müttefikler edinir. Bu müttefikler arasında bir okçu olan Sensei Ishikawa, efsanevi bir savaşçı olan Masako Adachi, bir keşiş olan Norio ve tüccar Kenji bulunur. Bu karakterlerin her birinin kendi hikayeleri ve motivasyonları vardır, ve Jin onların yardımıyla adayı geri almaya çalışır.
Shimura ile Çatışma
Lord Shimura, Jin'in geleneksel olmayan yöntemlerine karşı çıkar ve Jin'in onurunu ve samuray değerlerini terk ettiğini düşünür. Jin'in yöntemleri, Tsushima halkının moralini yükseltse de, samuray onuruna aykırı olduğu için Shimura ile aralarında bir gerilim yaratır. Jin'in "Hayalet" taktikleri, Moğollara karşı bazı önemli zaferler kazandırır, ancak Shimura Jin'i bu yöntemlerden vazgeçmeye zorlar.
Khotun Khan ile Son Karşılaşma
Jin, Khotun Khan ile yüzleşmek için bir dizi tehlikeli göreve girişir. Khan'ı durdurmak için birçok fedakarlık yapar ve sonunda Khan'ın gemisine sızar. Kapsamlı bir savaşın ardından Jin, Khotun Khan'ı öldürür ve Moğol işgaline son verir.
Sonuç ve Jin'in Kaderi
Moğollar yenildikten sonra, Tsushima Adası yavaş yavaş toparlanmaya başlar. Ancak Jin'in samuray kodunu ihlal ettiği ve "Hayalet" olarak hareket ettiği için Lord Shimura tarafından hain ilan edilir. Shimura, Jin'i samuray onurunu korumak adına öldürmek zorunda kalır. Oyun, oyuncunun Jin'in kaderini belirlemesine izin verir: Jin, Shimura'yı öldürüp öldürmemek arasında bir seçim yapar. Bu seçim, Jin'in nihai kaderini ve Tsushima'daki mirasını şekillendirir.
"Ghost of Tsushima"nın hikayesi, onur, fedakarlık ve özgürlüğün bedeli gibi temaları işlerken, oyuncuya karakter gelişimi ve dramatik olaylarla dolu bir yolculuk sunar.