Film, Peter Parker'ın artık birçok yönüyle istikrarlı bir hayata sahip olduğu bir noktada başlar. Mary Jane Watson ile olan ilişkisi devam etmekte, okulda başarılı bir öğrenci olarak ilerlemekte ve New York şehrini Spider-Man olarak korumaya devam etmektedir. Ancak, Peter'ın hayatı, bir laboratuvar deneyi sırasında uzaydan gelen bir simbiyot olan Venom'un dünyaya düşmesiyle değişir.
Venom, Eddie Brock adında bir gazeteciye yapışarak onunla birleşir. Eddie, Peter'ı ve Spider-Man'i öfkeyle hedef alır çünkü onun sebep olduğunu düşündüğü bir olay nedeniyle işini kaybetmiştir. Venom, Eddie'ye inanılmaz güçler verir ve birlikte Spider-Man'e karşı intikam almaya çalışırlar.
Diğer yandan, Peter'ın eski arkadaşı Harry Osborn, babası Norman Osborn'un (Green Goblin) intikamını almaya kararlıdır. Harry, babasının ölümünden Peter'ı sorumlu tutmaktadır ve Goblin'in kostümünü giyerek New Goblin olarak Peter'a karşı savaşmaya başlar.
Peter'ın kişisel hayatı da karmaşıklaşmaktadır. Mary Jane, kariyerinde zorluklarla karşılaşmakta ve ilişkileri de gerginleşmektedir. Peter'ın Spider-Man olarak geçirdiği zaman nedeniyle Mary Jane, onunla yeterince zaman geçiremediğinden şikayet etmektedir. Bu durum, aralarında gerilim yaratır ve ilişkilerini zorlar.
Ayrıca, filmde Peter'ın içsel savaşı da ön plandadır. Simbiyot olan Venom, Peter'ın içindeki karanlık yönleri ortaya çıkarır ve onu daha agresif ve bencil biri haline getirir. Peter, bu iç savaşıyla mücadele ederken, dostları ve sevdikleri için doğru kararları vermek zorundadır.
Son çatışma, Peter'ın Venom, Sandman ve New Goblin ile karşı karşıya geldiği büyük bir finalde yaşanır. Peter, dostlarından ve içindeki karanlık yönlerden aldığı güçle düşmanlarına karşı savaşır. Bu mücadelede, Mary Jane ve Harry gibi dostlarının da yardımıyla, Peter zafer kazanır ve şehri korumayı başarır.
Film, dostluk, fedakarlık, intikam ve içsel mücadele gibi temaları derinlemesine ele alırken, aynı zamanda görsel efektlerle dolu büyük çaplı aksiyon sahneleriyle de dikkat çeker. Peter Parker'ın hem kişisel hayatındaki zorluklarla mücadele etmesi hem de New York'u kötülüklerden koruma görevi arasında denge kurma çabası, film boyunca izleyiciyi etkileyici bir şekilde sürükler.