2027 yılındaki olaylardan iki yıl sonra, insan-augmentasyon çatışması dünya genelinde tırmanmış ve normal insanlar ile augmente edilmiş bireyler arasında gerilim artmıştır. Oyunun başında, ana karakterimiz Adam Jensen, Interpol'ün özel görev birimi Task Force 29'a (TF29) katılmıştır. TF29, dünya genelinde artan terör saldırılarına ve insan-augmentasyon gerginliğine karşı mücadele etmekle görevlidir.
Prag'da geçen bir saldırı sırasında, augmente edilmiş bireyleri hedef alan bir saldırı düzenlenir ve bir dizi terör olayı patlak verir. Saldırılar, "İnsanlık Ayrıcalığı Yasası" adı verilen ve augmentasyonu düzenleyen bir dizi yasayı destekleyen bir grup tarafından planlanmış gibi görünmektedir. Bu olaylar, Jensen'ı çeşitli entrikaların ortasına çeker.
Jensen, görevleri sırasında dünya genelinde farklı şehirleri ziyaret eder. Oyunun ana teması, augmente edilmiş bireylerin sosyal dışlanma, ayrımcılık ve güvenlik riski gibi sorunlarına odaklanır. Oyuncular, gizemli örgütlerin ve güç odaklarının perde arkasındaki entrikaları çözmeye çalışırken, ahlaki ve etik kararlar almaları gereken bir dizi durumla karşılaşırlar.
Jensen'ın augmentasyon yetenekleri ve yetenek ağacı, oyunun oynanışını zenginleştirir ve oyunculara farklı stratejiler kullanma imkanı tanır. Görevleri tamamlama şekilleri, oyuncunun tercihlerine ve seçimlerine bağlı olarak değişebilir.
Oyunun hikayesi, entrikalar, ihanetler ve politik manipülasyonlarla dolu bir yolculuğa dönüşür. Ana karakter Jensen, geçmişindeki sırları açığa çıkarmaya çalışırken, dünya genelindeki çalkantılı atmosferde gerçekleşen olayları çözmeye çalışır. Deus Ex: Mankind Divided, geniş kapsamlı hikayesi, derin karakterleri ve oyun mekaniği ile dikkat çeker.