Luis Lopez, Tony Prince'in (Gay Tony) işlerini düzenlemek ve korumakla görevli bir adamdır. Tony, Liberty City'nin gece hayatının kalbinde bulunan iki popüler gece kulübünün sahibidir: Maisonette 9 ve Hercules. Ancak, Tony'nin işleri çeşitli sorunlarla doludur. Özellikle, Tony'nin iş ortağı Anthony "Gay Tony" Prince'in borçları ve uyuşturucu kartelleriyle olan sorunları nedeniyle zor bir dönem geçirmektedir.
Hikaye, Luis'in Tony'nin işlerini düzeltmeye çalışmasıyla başlar. Luis, Tony'nin gece kulüplerini korumak, borçları ödemek ve kartellerle başa çıkmak zorunda kalır. Oyun boyunca, Luis'in sadakati ve profesyonelliği sık sık sınanır. İntikam, entrika ve tehlikeli iş anlaşmaları, Luis'in Liberty City'nin suç dolu dünyasında nasıl hayatta kalmaya çalıştığını gösteren temel temalardır.
Hikaye ilerledikçe, Luis'in ilişkileri ve geçmişi de açıklığa kavuşur. Luis'in annesi ve kız kardeşi ile olan ilişkileri, onun kişisel yaşamını etkiler. Ayrıca, Luis'in eski bir suçlu geçmişi de hikayenin içine entegre edilir, geçmişteki kararları ve ilişkileri şu anki olayları şekillendirir.
Oyun, Tony'nin borçları ve uyuşturucu kartelleriyle olan sorunlarına odaklandığı gibi, Liberty City'nin alt dünyasının karmaşıklığına da ışık tutar. Luis, Tony'nin zorlu işleriyle uğraşırken, çeşitli suç örgütleri ve karakterlerle etkileşime girer. Ayrıca, oyun içinde yapılan çeşitli görevlerde oyuncular, yüksek tempolu aksiyon sahneleri ve heyecan verici araç sürüşü ile karşılaşırlar.
The Ballad of Gay Tony, Grand Theft Auto IV hikaye evrenine daha fazla derinlik katan ve ana hikaye ile bağlantılı olan bir yan hikaye sunar. Oyun, karakter gelişimi, entrikalar ve Liberty City'nin çeşitli yönlerini keşfetme fırsatı sağlar. Luis'in Tony için çalıştığı süre boyunca, oyuncular çeşitli suçlu figürlerle tanışır, zorlu kararlar alır ve Liberty City'nin tehlikeli sokaklarında unutulmaz bir macera yaşarlar.