3.sezon, Rick Grimes ve grubunun hayatta kalmak için mücadelesini sürdürdüğü bir dünyayı anlatmaktadır ki bu dünya zombi enfeksiyonu nedeniyle adeta çöküşe geçmiştir. Grup, bir çiftlik evinden ayrıldıktan sonra Atlanta'da buldukları hapishaneye sığınır. Hapishaneyi temizleyip güvenli hale getirmek amacıyla zorlu bir çaba harcarlar. Ancak burada hem içeriden hem de dışarıdan gelen tehditlerle mücadele etmek zorunda kalırlar.
Dizinin başında, grubun lideri Rick, karısı Lori'nin hamile olduğunu ve bebeği taşıdığını öğrenir. Ancak Rick'in en yakın arkadaşı Shane ile aralarındaki gerilim artmaktadır çünkü Shane, Lori ile bir ilişkisi olduğuna inandığı çocuğunun babasının kendisi olduğuna dair bir takıntıya sahiptir.
Hapishaneye yerleştikten sonra, grubun üyeleri yavaş yavaş yeni bir toplum oluşturmak ve güvende kalmak için çalışırlar. Fakat The Governor adındaki bir lider, Woodbury adlı bir yerleşim yerini yönetmektedir ve aslında tehlikeli ve psikopat bir karakterdir. The Governor, Rick'in grubuna düşmanlık besler ve çatışmalar kaçınılmaz hale gelir.
Lori'nin bebeği Judith'i doğurmasının ardından, Lori beklenmedik bir şekilde hayatını kaybeder. Bu olay, Rick'i derinden etkiler ve Shane ile olan gerilimi de sonuçlanır. Daha sonra The Governor ile yapılan çatışmalar, grup için büyük bir tehlike oluşturur ve bazı karakterler hayatlarını kaybeder.
Sezon boyunca, grubun üyeleri arasındaki ilişkiler karmaşıklaşır ve karakterler kişisel gelişimler yaşar. Andrea adındaki bir karakter, Woodbury'de The Governor'a yakınlaşır ancak sonradan onun gerçek yüzünü fark eder. Michonne adlı bir kılıç kullanıcısı da gruba katılır ve birçok tehlikeli durumu atlatabilir.
Sezonun sonunda, Woodbury ile hapishane arasındaki büyük bir çatışma yaşanır. The Governor'ın saldırısı sonucu hapishane terk edilir ve grup üyeleri dağılırlar. Sezon finalinde, Andrea'nın The Governor tarafından öldürülmesi ve grubun geleceği belirsiz hale gelir.
The Walking Dead dizisinin 3. sezonu, zorlu hayatta kalma koşullarının yanı sıra insan doğasının karmaşıklığını ve insan ilişkilerinin önemini vurgular. Grup üyelerinin iç ve dış tehditlerle mücadelesi, sezon boyunca heyecan verici anlar sunar.