Önceki sezonun sonunda, Walter ve Jesse kendilerini gerilim
dolu olayların ortasında bulmuşlardı. Endişe ve korku içinde, patronları Gus'ın
bir sonraki hamlesini bekliyorlardı. Gus, gözleri önünde Victor'ı öldürdükten
sonra, gelecek hamlenin pek de olumlu olmayacağını anlamışlardı. Walter ve
Jesse, Gus'ın gözetimi altındayken, Gus da onlara özel bir ilgi göstermeye
başlamıştı. Artık Walter'a güveni kalmamış ve onun güvenilmez biri olduğuna
inanan Gus, Walter'ı ortadan kaldırmak ve uyuşturucu işinde Jesse'i başa
geçirmek istiyordu.
Bu sırada Walter, Gus'ı öldürme planları yapmaya başladı ve
rizin zehiri hazırladı. Jesse'e, Gus'u zehirlemesi için rizinli bir sigara
verdi. Ancak Jesse bunu başaramadı. Bunun üzerine Walter, kendi yöntemleriyle
Gus'tan kurtulmaya çalıştı. Gus ise Hank ve Narkotik ile uğraşmak zorundaydı.
Hank, Gale'ın evinde Gus'ın parmak izlerini bulmuş ve onu ifadeye çağırmıştı.
Hank, Gus'u daha yakından takibe alırken, Walter da onu oyalamaya çalıştı çünkü
Gus'un yakalanması durumunda Walter'ın da ifşa olma riski vardı.
Diğer yandan Don Eladio'nun liderliğindeki kartel de Gus'ın
kamyonlarına saldırıyor ve sevkiyatına zarar veriyordu. Tüm bu olaylar
yaşanırken Skyler, eski patronu Ted'in vergi kaçakçılığından hapse girmemesi
için mücadele ediyordu. Bu konuda Saul'dan yardım alsa da sonunda işler iyi
gitmedi.
Meksika seyahatinden önce, Walter ve Jesse aralarında sert
bir kavga yaşadı ve araları açıldı. Jesse, Gus'la yüz yüze görüşmeye gittiği
halde onu zehirlemeyi başaramamıştı. Walter bunu Jesse'in aracına yerleştirdiği
böcekten anladı. Gus, Mike ve Jesse'i de yanına alarak Don Eladio'nun yanına
Meksika'ya gitti. Amacı, Don Eladio ve adamlarından intikam almaktı. Gus, Don
Eladio ve adamlarını zehirli tekilayla zehirledi ve intikamını aldı. Mike,
çıkan çatışmada yaralandı ve tedavi altına alındı.
Meksika'dan döndükten sonra Gus, Walter'ı öldürmeye teşebbüs
etmesi üzerine onu kovdu ve ailesini tehdit etti. Walter, ailesini korumaya
çalışırken aynı zamanda Gus'tan kurtulma planları yapmaktaydı. Sevgilisi
Andrea'nın oğlu Brock'ın zehirlenmesi üzerine Jesse, Walter'ı öldürmek için
evine benzin dökmüşken son anda vazgeçti ve Walter ile barıştı. Walter,
huzurevinde yaşayan Hector'u ziyaret etti ve ona Gus'tan intikam alma teklifi
yaptı. Walter, Hector'un tekerlekli sandalyesinin altına bomba düzeneği
yerleştirdi ve bunu Hector'un iletişim kurmakta kullandığı zile bağladı.
Hector, Gus onu ziyaret ettiğinde bombayı patlattı ve Gus orada hayatını
kaybetti. Walter, Gus'u öldürerek ailesini ve kendini korumayı başardı.
Gus'ın ölümüyle birlikte Walter, bölgede boşalan uyuşturucu
pazarının da kontrolünü ele geçirdi. Artık uyuşturucu imparatorluğunun
başındaydı ve daha fazla güç kazanmıştı. Walter'ın kararları ve eylemleri, onu
karanlık bir yolculuğa doğru sürüklemeye devam edecekti. Ancak bu kararlar,
aynı zamanda ailesiyle olan ilişkilerini de tehlikeye atacaktı.